修改prototype原型会产生什么问题？

最近在学习JavaScript中的原型和继承概念，对于修改原型(prototype)产生了一些疑问

// 修改内置对象的原型
Array.prototype.customMethod = function() {
    console.log('自定义');
};

// 创建一个自定义对象
function MyObject() {}
MyObject.prototype.originalMethod = function() {
    console.log("原始方法");
};

// 修改自定义对象的原型
MyObject.prototype = {
    newMethod: function() {
        console.log("new");
    }
};

// 使用示例
let arr = [1, 2, 3];
arr.customMethod(); 

let obj = new MyObject();
obj.newMethod(); 
obj.originalMethod(); // 报错: obj.originalMethod is not a function

// 第三方库可能会这样使用原型
Object.prototype.thirdPartyMethod = function() {
    console.log("这可能会引起问题");
};

// 所有对象都有这个方法
let regularObject = {};
regularObject.thirdPartyMethod(); 

修改内置对象（如Array、String等）的原型会有什么后果？ 在项目中修改自定义对象的原型，可能会遇到哪些问题？ 有没有一些最佳实践来避免修改原型带来的负面影响？ 在使用第三方库时，如何避免原型污染？ 原型链的修改会对性能造成影响吗？如果有，影响程度如何？